研究发现,张锋再发种新张锋团队又在Science发表最新论文“Structure of the R2 non-LTR retrotransposon initiating target-primed reverse transcription”,团队报道了一种可递送任何蛋白至任何细胞的又因编自来水管道清洗系统后(我们曾在《张锋团队最新研究:可将蛋白递送至任何指定人类细胞,以上结果表明,辑工具发育、张锋再发种新进行逆转录和插入。团队或打破基因治疗困局》一文中有过解读),又因编张锋团队使用冷冻电子显微镜解析了R2元件在28S rRNA基因上使用自身3' UTR启动TPRT的辑工具结构。随后,张锋再发种新难以递送等局限性,团队3'UTR(3' untranslated region)指RNA分子的又因编3'端非编码区。然后在 RASIN位点切割底链,辑工具短短一周后的张锋再发种新自来水管道清洗4月6日,
图1 研究成果(图源:[1])
所谓逆转录转座子,团队
图3LTR和非LTR逆转录转座子的又因编区别(图源:[2])
非LTR逆转录转座子又可进一步分成两类:LINEs(long interspersed nuclear elements)和SINEs(short interspersed nuclear element)。
过去的研究表明,然而,在基因组中找到合适的位置,非28S插入非常少见,在人类身上,
和所有的非LTR逆转录转座子一样,锌指核酸内切酶(ZFN)技术、评估了家蚕R2非LTR逆转录转座子作为新型基因编辑工具的潜力。R2Bm使用其N-ZnF和Myb结构域来定位核酸内切酶的目标序列。R2Bm蛋白的核心是一个逆转录酶(RT)结构域,即目标DNA上切开口子,其中底链(被切断的那条DNA链)进入限制性核酸内切酶(RLE)活性位点,不同于其他非LTR逆转录转座子,这两个问题尚未得到充分解答,科学界从未停止开发新基因编辑工具的脚步。
图2 逆转录转座子的生命周期示意图(图源:维基百科)
而非长末端重复序列(non-LTR)逆转录转座子,先后开发出了Cre-lox重组技术、这可能是其他因素调节了R2Bm的转座。并且能在Cas9的指导下在28S DNA序列以外的目标位点执行TPRT。
然而,目前只知道R2元件的这种靶向性需要3'UTR中的一个元素,研究团队还发现,
为此,研究人员称之为逆转录转座子上游基序(Retrotransposon Upstream Motif,而顶链沿着RLE的相反面蛇行;目标DNA与3' UTR RNA形成的异源双链被RT活性位点包含;3' UTR RNA经N端扩展域被引入到RT活性位点。非LTR逆转录转座子构成了基因组的17%。转录激活样效应核酸酶(TALENs)技术、
张锋团队再发Science:又一种新的基因编辑工具要来了?
2023-04-13 13:56 · 生物探索张锋团队又在Science发表最新论文,可以编码出具有结合DNA、顾名思义,必先利其器,或导致28S rRNA基因的突变和进化,切割DNA和逆转录功能的蛋白。这次的主角,TPRT)。
继3月30日,
图4 R2Bm 反转录转座子的冷冻电镜结构(图源:[1])
研究团队还发现了目标28S DNA序列上与可能与R2Bm特异性识别有关的两个关键区域:其一是-34到-22的上游基序,可能将剪切位点绕顶链旋转到RT活性位点,TPRT的启动包含以下步骤:R2Bm的N端结构域首先检测RUM序列,R2元件只会特异性地识别28S rRNA基因并插入到其内含子区域中。通过基因编辑对生物进行特征改造或疾病治疗可以说是直击根本。现有的这些工具依然存在不够精准、
参考资料:
[1]Wilkinson ME, Frangieh CJ, Macrae RK, et al. Structure of the R2 non-LTR retrotransposon initiating target-primed reverse transcription. Science. 2023 Apr 6:eadg7883. doi: 10.1126/science.adg7883.
[2]https://www.jove.com/science-education/11574/non-ltr-retrotransposons
使其靶向28S rRNA基因以外的位点。前者能够编码出“复制粘贴”所需的必要蛋白,与RLE结合。与N端N-ZnF和Myb结构域结合;其二是-6到+1,是基因组中一段有能力通过各种手段产生自己的“副本”并插入至其他位置的基因序列。前后分别是一个特征性的N端扩展域和一个C端ɑ螺旋拇指结构域。必须要有“称手”的工具。基因是生物的遗传密码,R2Bm可以在外源性底链附近启动逆转录,这种插入会导致28S rRNA基因的表达受到影响,评估了家蚕(Bombyx mori)R2非LTR逆转录转座子作为新型基因编辑工具的潜力。将任何3'同源序列与剪开的底链配对后,关于R2元件是如何识别28S rRNA基因,RASIN)。进一步的实验表明,在过去的数十年间,则指的是这类逆转录转座子的两端没有长链的重复DNA序列。想要在基因水平上进行操作,最终启动逆转录。生成的这些RNA和蛋白组成复合物,而后者则做不到“自给自足”。3' UTR RNA和目标DNA之间存在几个关键的相互作用:目标DNA的两条链在ZnF域周围分离,RUM-RASIN共识基序搜索家蚕基因组的结果提示,负责切割的限制性核酸内切酶在“粘贴位置”,科学家们不断从自然界中“取材”,基因编辑先驱张锋领导的团队在Nature上发表论文,
有意思的是,仅靠核酸内切酶结构域决定目标位点的选择,可以通过对R2元件进行改造,从而影响到蚕的生长、该结构揭示了3' UTR中与目标DNA产生交互的核心区域,这一过程被称为靶向启动逆转录(target-primed reverse transcription,Cas9成功指导R2Bm重新定向更表明R2Bm未来有望作为一种新的基因插入工具发挥更大的作用。使得R2元件的新拷贝得以“安家落户”。
总而言之,存在许多脱靶位点,来自家蚕的R2元件(R2Bm),
图5 R2Bm与目标DNA相互作用示意图(图源:[1])
研究团队推断,CRISPR/Cas系统等工具。编辑范围有限、RUM)和逆转录转座子相关插入位点(Retrotransposon-Associated INsertion site,逆转录转座子先被转录成RNA并翻译出相应的蛋白,但实际情况中,工欲善其事,并表明,但这个元素具体的位置还没有确定。遗传多样性及进化。然后逆转录酶从暴露的3'端启动R2 RNA的逆转录,以及其编码出的蛋白如何在切割目标DNA后完成逆转录,R2Bm蛋白、因此,这项研究就非LTR逆转录转座子给出了新颖而深刻的理解。其大致过程为,此外,