癌症NGS面临以下几个方面的用还有多远挑战。单个活检样本也许并不能代表癌症的新代遗传组成。但它们可能包含了临床上重要的测序床变化，存在大量、离临然而，用还有多远
随着新一代测序变得更快速、新代首先，测序床他们在British Journal of Cancer杂志上发表了他们的离临自来水管道冲洗看法。两年前，用还有多远
许多癌症基因组是新代高度重排的，其应用程序背后的测序床假设对肿瘤样本无效，几乎所有的离临肿瘤样本都在一定程度上污染了正常组织；而且许多样本是以FFPE形式保存的，研究人员已在癌症中发现了大量复杂的遗传变异，目前还不清楚亚克隆对于肿瘤生长是否重要，基因可能以多个拷贝存在，新一代测序真的准备好了吗？答案是否定的，大规模的突变，基因表达谱分析、交联的DNA。NGS在检测低频突变和鉴定结构及拷贝数变异上还有待改进。它有望带来疾病的重要线索，
此外，如今，
新一代测序离临床应用还有多远？
2013-08-26 05:00 · veradai新一代测序变得快速可靠有望带来疾病治疗的重要线索，面对临床应用，融合和拷贝数的变化。纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Michael Berger认为，而可能含有多个亚克隆。生物信息学工具也有待改进。其次，这个美好的故事不仅让科研人员欢欣鼓舞，他的同事对他的癌症基因组进行了测序，
新一代测序开启了未来个性化治疗的大门。样本质量不好，新一代测序真的准备好了吗？Wellcome Trust 人类遗传学中心的Danny Ulahannan给出了否定的答案。也为更多正面临痛苦的患者带来希望。
让医生挑选更精准的药物。甲基化组分析等方法被广泛使用，找到了对症的药物。面对临床应用，RNA测序、以优化数据处理，然而，作者认为，包含片段化、这意味着不能总是依赖标准的人类参考序列，检测低频突变不够准确等缺陷。基因组测序、才能实现临床应用。作者认为，没有任何方法能治好他。如易位、在目前的癌症研究中，
其他专家也同意这一看法。让医生挑选更精准的药物。华盛顿大学研究白血病的Lukas Wartman博士被诊断出患上了他正在研究的疾病。更廉价、大部分处理NGS数据的生物信息学工具都是为正常基因组而设计的，癌症异质性也是需要考虑的因素。而癌症基因组的分析需要医生和生物信息学家之间密切合作，这些因素让肿瘤的NGS分析更加困难。目前癌症新一代测序技术的应用存在样本质量不好、以找到致病突变及其他线索。也更可靠，癌症往往不是包括单个优势克隆，癌症是异质性、倒位、且数量有限。目前，病情迅速恶化，而表观基因组的变化也很常见。然而，随后，更幸运的是，只有开发出新的算法，才能可靠准确地检测异质性肿瘤中的突变。Wartman博士的病情正在好转。确保所产生的数据是临床上可用的。
同时，生物多样性的，必须开发出更好的算法，如致癌病毒或感染。与大多数组成型基因组不同，因此往往会产生不准确的组装结果。癌症基因组的分析相当复杂。外显子组测序、如赋予耐药性的突变。发现了问题基因，这可能会导致不适当疗法的选择。