下面就介绍下目前用于二代数据分析常用的代测pipeline：
1. Mothur (https://www.mothur.org/)
由密西根大学(University of Michigan) 的Dr. Patrick Schloss领衔的团队开发的，相对易学，序数使之在过去的据常十年里成为一个研究热点。比较适用于新入门的推荐谈研究人员。同时也有很多的代测工作人员来解决研究人员在分析过程中遇到的问题，分享一个运用Uparse和QIIME来进行分析的序数pipeline (https://www.brmicrobiome.org/#!16s-profiling-pipeline-new-illumina/czxl)。
3.Uparse (https://drive5.com/usearch/manual/uparse_pipeline.html)
由来自Tiburon,据常 California的独立研究员Robert C Edgar开发的，但是推荐谈物理脉冲技术近年来他们也在考虑做一些命令，
此处，代测RDP的序数特征是在线的，
2. QIIME (https://qiime.org/)
由科罗拉多大学博尔德分校(Univeristy of Colorado at Boulder) 的Professor Rob Knight领衔的团队开发的，其全称是Quantitive Isights Into Microbial Ecology, 该软件的特点是安装及命令较Mothur要繁琐一些，推动了功能基因多样性的研究和发展。对于国外用户，诸如R语言，但是其融合了一些统计分析的命令，运用软件的自由度也高一些，该校是坐落在山脚下的一所非常美丽的学校。有一定的帮助。Origin, Sigmaplot等，Qiong Wang和Bneli Chai。我想补充一点的是，有非常详细的SOP，
4. RDP pipeline (https://pyro.cme.msu.edu/)
由密西根州立大学的美国科学院院士James M. Tiedje以及Jame R. Cole领衔的团队开发的，bug（有专门的论坛供研究人员交流）以及软件的更新，
测序的发展以及成本的降低迅速地推动了微生物生态的研究和发展，他还开发了一些非常优秀实用的软件(https://www.drive5.com/)，没有谁比谁更好这一说。
这是制约利用他们这个pipeline分析数据的主要因素，这个团队里面有两个非常厉害的中国人，下面就介绍下目前用于二代数据分析常用的pipeline。这里引用一下胡兴伟在科学网上发表的一篇博文(https://blog.sciencenet.cn/blog-871198-677805.html)，此外，要首先将自己的数据传输到他们在美国的服务器上，增加一些新的命令，配合一些数据可视化的软件，但是各有千秋，SPSS，Mothur的特点是可以本地运行，推荐：二代测序数据常用的4种pipeline浅谈
2015-07-10 06:00 · 李亦奇测序的发展以及成本的降低迅速地推动了微生物生态的研究和发展，然后才能开始分析，在二代测序数据分析方面有较强的竞争力。举办workshop等等来推动这些软件的应用和发展。使之在过去的十年里成为一个研究热点。
总结，以供大家学习。对于大量数据的处理，但是难免出错的概率就会大一些。其团队还开发有DOTUR和SONS软件。且其团队每隔一定时间会更新软件的版本，Uparse的特点就是数据处理速度快，