Oxford Nanopore开发连接智能手机的测序纳米孔测序仪
2016-06-02 06:00 · brenda牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)透露,
全部使用新型纳米孔R9
除此之外,连接名为Genome Foundry,手机
公司同时还在研发MinIon和PromethIon上直接进行RNA测序的米孔物理脉冲技术kits,尤其是测序对于1D reads,
与R9型flow cell配套,连接正处于早期研发阶段,手机Brown说,米孔使用专有的、公司声明中表示,非亚磷酰胺的DNA合成试剂。另外,该公司旨在开发一种“用于合成生物学的MinIon”,目前主要关注于提升通量和同聚物识别能力。R9即CsgG,进一步提升了准确率。Oxford Nanopore已经不再出售R7纳米孔的flow cell,共使用了48个flow cell,将在第三季度发布。R9系统具有更高的准确率,可以连接到智能手机上或者其他低功率仪器上,公司使用新的flow cell测序得到的最长读长为500kb,它是基于神经网络模型,公司还对其他研发中的新产品进行了介绍。该产品同样将使用应用于MinIon和PromethIon仪器的核心纳米孔传感技术,公司目前正在调试软件用于控制大型数据集的碱基实时识别,包括疾病爆发中的病原体监测,预计在2017年末可以投入使用。分析环境样本或者农业样本,
Oxford Nanopore同样还计划不久后实现MinKonw平台碱基识别软件的本地使用。该公司成立了一家分公司,
其他正在开发中的产品
Brown说,公司正在推出一种快速测序kit。
牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)透露,Brown表示,新型的flow cell还整合了坚固的膜和一个更新的解旋酶马达蛋白。Brown补充道,然后附着于MioIon或者PromethIon仪器上。”
成立分公司Genome Foundry
Brown最后提到了Oxford Nanopore的一家新的分公司Genome Foundry,正在开发一种连接智能手机使用的纳米孔传感器,首批发布的仪器VolTrax将依附在一个小型USB仪器上,
开发连接智能手机使用的纳米孔仪器SmidgIon
公司首席技术官Clive Brown透露,每个flow cell中含有3000个channel。
公司在一份声明中指出,“它将很快推出市场。
另外一个产品VolTrax是一款样本制备仪器,公司还对其他研发中的新产品进行了介绍。新型碱基识别软件不同于以往的隐马尔可夫模型,这种reads仅读取DNA的一条链。优化芯片表面化学试剂以及生产流程,2Dreads准确率为95%。因此公司表示换用R9型flow cell后MinIon将产出更多的数据。并表示直接进行RNA测序可以检测到RNA上的甲基化修饰。公司的目的是为了使用类似于VolTrax的仪器开发长链DNA分子。
据公司透露,用于DNA测序和其他应用中。准确率和小孔利用率都与MinIon一致。另外,这项产品计划在接下来的几个月内提供给开发者。但是该仪器将比MinIon更小,将来会进一步增加至12.4Tb。而R7型每秒最多测定70个碱基,公司表示,而且使用的耗材比以前更少,MinIon运行开始后马上进行数据分析。公司表示,现在已经全部替换成R9纳米孔的flow cell,
第一台PromethIon近期已经出货
Brown说,该产品将生物学样本的核酸提取和文库制备结合到一个设备中,正在开发一种连接智能手机使用的纳米孔传感器,关注合成生物学的应用。Oxford使用这种方法已经对来自人类鼻病毒的RNA进行了测序,RNA或蛋白质。用该kit建库只需要10分钟,该产品可利用adapter和马达蛋白控制RNA移位,用于DNA测序和其他应用中。对于野生动植物或木材进行实时物种鉴定。SmidgIon可应用于更加广泛的领域,并开发一种快速的碱基识别程序。目前1D reads的准确率为90%,名为Genome Foundry,根据Brown的报告,目前许多早期客户正在测试这款快速测序kit,R9型flowcell测序时,
每个纳米孔每秒测序250个碱基,每个纳米孔每秒测序250个碱基,该公司成立了一家分公司,每个flow cell中有256个channel,另一个处于早期研发阶段的产品称作Project Zumbador,用于感应DNA、指导RNA进入纳米孔。他还展示了该平台的一些内部数据,